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Ferredoxina com zinco de Acidianus ambivalens

Uma pequena proteína de uma arqueia de fontes termais, com sete átomos de ferro em dois clusters, mais um zinco, tudo intacto.

A ferredoxina (clara) com os seus clusters [3Fe-4S] e [4Fe-4S] (ferro a castanho, enxofre a amarelo) seguros por cisteínas (laranja), e o seu zinco (cinzento) seguro por três histidinas e um aspartato (ameixa).

As ferredoxinas são pequenas proteínas que transportam electrões pela célula. Esta vem de Acidianus ambivalens, uma arqueia que vive em fontes vulcânicas quentes e ácidas. Tem sete átomos de ferro em dois clusters de ferro e enxofre, um [3Fe-4S] e um [4Fe-4S], e também liga um zinco. Uma estrutura anterior de uma ferredoxina aparentada tinha os clusters convertidos artificialmente; aqui, os dois clusters e o local do zinco estão intactos, tal como o organismo os produz, a 2,0 Å de resolução (artigo).

É também uma das primeiras proteínas que cristalizei. Cresci os cristais no ITQB por volta de 2000, entre o meu projecto de licenciatura e o doutoramento. Difractavam a 2,0 Å, mas eram maclados, cada um com uma fracção de macla diferente, por isso a estrutura levou muito tempo a resolver e a refinar. No fim, a bioquímica alcançou-nos, era importante publicar a estrutura, e saiu em 2008.

Entrada no PDB
2VKR no PDBe (também no RCSB PDB)
Publicada
2008-03-04
Resolução
2.01 Å
Artigo
Crystallographic analysis of the intact metal centres [3Fe-4S](1+/0) and [4Fe-4S](2+/1+) in a Zn(2+) -containing ferredoxin. (FEBS Lett., 2008)
Mais
Detalhes técnicos, ligações e densidade electrónica

Imagens e vídeo feitos com o UCSF ChimeraX; a vista em 3D é do PDBe Mol*.

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